Чтобы перемести git репозиторий из директории с сайтом на уровень выше (чтобы .git хранился не в public_html где сайт, а в той же директории где и сам public_html) это и безопаснее и можно включить полезный файлы bash скриптов в репозиторий и в случае случайного удаления директории public_html сайт можно быстро восстановить из репозитория)
cd /var/www/witts.ru/public_html
mkdir .public_html
git mv * .public_html
git mv .htaccess .public_html
git mv .public_html public_html
git status
Должны увидеть renamed .....
git commit -a -m "move git files to upper directory"